1992年，中国藏学研究中心和西藏山南地区合作，成立了北京藏医院，是北京地区唯一一所国家级民族医院。时任全国人大常委会副委员长的阿沛·阿旺晋美同志，亲笔为医院题写了院名。1998年经中国中央统战部、国家民委、国家中医药管理局报经国家计委立项易地进行了扩建，新址坐落在亚运村安外小关北里218号，占地面积22亩，一期建筑面积近12000平方米，是“以藏医为主，集医疗、科研、教学和康复为一体，多民族医相结合”的特色医院。
　　北京民族医院暨北京藏医院是二级甲等医院及医保定点机构。荟萃了中国各主要少数民族医药的精华，有来自雪域高原的藏医、内蒙古大草原的蒙医、云南边陲的彝医、湖南湘西的土家医、广西壮族自治区的壮医、贵州的布依族医以及中医等民族医特色专科23个，是我国各少数民族医药在北京的重要窗口。党和国家领导人曾多次来院视察、指导工作， 并对医院的发展寄予了很大的希望。国际友人，世界卫生组织前总干事中岛宏博士、哈萨克斯坦总理巴尔金·巴耶夫、加拿大第一民族大党主席菲尔方丹等也给予了高度评价  
　　1999年2月5日，黄福开（右）在人民大会堂与钱其琛（左）副总理合影，并向钱副总理介绍了藏医藏药情况。 
　　目前，藏医部又从西藏请来了藏医大师措如·次朗、蒙医白亿拉、壮医黄敬伟等一批全国最著名的民族医专家、教授来院亲自坐诊。
　　男科妇科泌尿科作为北京藏医院的重点建设专科。本着中、西、藏医结合，信守高科技、高质量的原则，将泌尿感染、前列腺炎和不孕不育作为重点临床研究。不仅拥有多位在男科、妇科治疗领域有着多年丰富临床经验的专家教授；同时中心还引进波姆光热治疗仪、多功能前列腺微波治疗仪等大量具有当代先进水平的高科技诊疗设备。
　　泌尿感染方面。集中主要科研和临床医务骨干组成攻关小组，经过长时间的不懈努力，探索出“0357渐进性三联疗法”，即“杀灭病原体+免疫调节+物理治疗”，在临床上取得了很好的疗效。
　　前列腺方面。采用目前最为有效的“介入导融术”治疗方法。介入导融技术是一种高科技治疗前列腺炎、前列腺增生的新技术。它采用强聚高频激励的电场效应，液化前列腺的脂质包膜，打通前列腺管  
　　原中央统战部部长王兆国（左1）、中央统战部副部长、国家民委主任李德洙（右1）亲切看望著名藏医大师措如次郎。令药物直达前列腺组织，形成浓度离子堆，强力清除致病菌和微生物， 使其失去活性，减轻或消除肿胀及会阴不适、尿频、尿急等临床症状，对沙眼衣原体感染、前列腺疾病进行治疗具有独特作用， 特别适用于久治不愈的前列腺疾病。同时，“导融”治疗产生的闭合电路具有调节性神经功能及刺激关元、会阴、任脉等穴位的功能，改善男性生理功能障碍。
　　不孕不育方面。在以往中西医结合的辨证施治的基础上，潜心钻研藏医理论和藏药特性，力求全力发扬藏医这一祖国传统医学的在不孕不育方面独到之处，目前已初步形成一套有效的深谙藏医精华的诊治体系。开业以来，已根据众多不孕不育患者的体质、病程来制定相应的治疗方案，已为众多久治无效的不孕不育家庭带来了梦想已久欢乐。 
　　北京藏医院的宗旨： 
　　追求以自身的医疗技术以及服务水平超出广大病友的期望值为己任！
　　通过鲜明的服务特色为病友提供一种亲切、细致、轻松的家庭化服务！