肛瘘因内口的存在，无法用非手术疗法彻底根治，同时，若肛瘘不治疗或治疗不当，内口不断增多，对肛瘘手术的要求也越来越高。本文归总现在仍有施行的肛瘘手术方法，并对比如下：
　　1、【肛瘘手术之 切开法】
　　采用瘘管切除术来治疗肛瘘，手术的切除往往不够彻底，容易造成手术失败或复发。如果切除范围过大，组织损伤较多、易引起肛门畸形、狭窄，有时将未纤维化的耻骨肌切断，则就不可避免地会产生肛门失禁，给病人带来很大痛苦。
　　2、【肛瘘手术之 切开挂线法】
　　切开挂线法要点是对肛门括约肌功能影响不大的肛瘘进行切开，而对肛门括约肌功能影响较大的肛瘘、则采取挂线疗法。治疗复杂性肛瘘时，对肛门直肠环以下的管道，可一次切开，而对通过肛门直肠环或位于肛门直肠环上方的管道，则采用挂线疗法。此疗法缺点是疗程长、一般需住院20-30天，术后患者疼痛时间长。且若操作不当会造成肛门狭窄。
　　3、【肛瘘手术之 HCPT微创术】
　　该手术用最新一代美国进口全电脑多功能肛肠治疗系统HCPT操作，该设备具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程无疼痛、不出血、快速、彻底，无需住院，不影响工作。治疗后复发率极低。这种微创无痛治疗是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染，疼痛，那样才会痊愈。其它肛肠疾病如痔疮、肛裂、肛周脓肿等均是十分理想的治疗适应症。
　　综上，上海中佑肛肠医院专家总结说：HCPT微创术由于其设备的优势，对痔疮、肛裂、直肠息肉等肛肠疾病的治疗也有较好疗效，对于不少伴有多种肛肠疾病的患者而言，其优势不言而喻。